Lungo tutto il lato orientale il territorio è delimitato dal medio corso del fiume Coghinas che lo separa dalla Gallura e nel quale confluiscono i torrenti Silanos, 'Anzos e Battàna, i quali nel corso del tempo formarono il fondo alluvionale della valle dominata dall'abitato. Perfugas confina con i comuni di Erula, Chiaramonti, Martis, Laerru, Bulzi e S. Maria Coghinas; ad est confina anche con i comuni galluresi di Bortigiadas e Tempio.
In antico la valle interna formava un vasto bacino lacustre al quale si devono i resti della cosiddetta ''Foresta pietrificata'' dell'Anglona che emergono dal sottosuolo specialmente in località S'Attàlza e in altri siti. Lungo il corso del torrente Battàna quasi trent'anni fa furono ritrovate le testimonianze del primo insediamento umano in Sardegna (Paleolitico inferiore) che risalgono a un periodo compreso fra 150.000 e 500.000 anni orsono. Altri siti nei dintorni (Pantallinu, Codróvulos) hanno restituito importanti reperti.
La testimonianze della presenza umana in età preistorica sono completate da alcuni insediamenti che risalgono al Neolitico (Contra Aguda) che in alcuni casi assumono forma monumentale (circoli megalitici di Concas, dolmen di Su Lione). Le sepolture ipogee (domus de janas), oltre ad alcuni esemplari di notevole interesse (Domus dell'Ariete, loc. Su Solianu), offrono un sepolcreto di vaste dimensioni (Niedda).
Nel II millennio a.C. il territorio fu interessato da numerosi insediamenti nuragici. Si conservano i resti di una cinquantina di nuraghi fra i quali sono da ricordare quelli a pianta complessa (Tettinòsa, Ruju Anzos, Meju, Crabiles, Cobeltu, Niedda, Majore), alcuni edifici monotorre (Ruju, San Giorgio, Canu, Sa Ruinosa, Modditonalza) e lo pseudonuraghe Filiziu. Nella località Niedda sorge una fonte sacra in tufite grigia.
Numerose sono anche le ''tombe di giganti'' (Su Paladinu, Puzzu Canu, Sas Luzanas, Pubuliòsa). I resti di alcuni villaggi fanno corona ai nuraghi Crabiles, Meju, Niedda e altri. I reperti più interessanti del periodo si conservano nel locale Museo Archeologico-Paleobotanico.
Testi di prof. Mauro Maxia